Giống như các bộ Đại Nam Thực lục Chính biên hoàn thành sau bộ Chính biên Đệ tứ kỷ viết về đời Tự Đức, Chính biên Đệ lục kỷ Phụ biên thật ra không phản ảnh được lịch sử toàn Việt Nam mà chỉ giới hạn trong vùng Trung Bắc, thậm chí sau khi Nha Kinh lược Bắc Kỳ bị giải thể, quyền hành chính trị và hành chính ở miền Bắc tập trung hết vào tay Thống sứ Bắc Kỳ năm 1897 thì chỉ còn co cụm lại chủ yếu trong phạm vi các hiện tượng, lãnh vực và quá trình lịch sử trên địa bàn miền Trung tức “kinh sư” và “Tả Hữu Trực Kỳ”. Nhưng nếu chỉ nói trong phạm vi miền Trung thì quả là nó cũng ghi nhận được nhiều sự kiện và quá trình hiện đang bị hiểu một cách sai lệch hay thậm chí đã bị lãng quên.
Trên phương diện sử liệu, Chính biên Đệ lục kỷ Phụ biên chứa đựng nhiều thông tin hay lạ có thể giúp những người đọc sách điều chỉnh nhận thức, giải tỏa thiên kiến trước nay về nhiều sự kiện và nhân vật lịch sử. Chẳng hạn chi tiết Nguyễn Thân cho đào mộ Phan Đình Phùng “đốt xác, trộn tro với thuốc súng, bắn xuống sông Lam” mà trước nay nhiều người vẫn sao đi chép lại của nhau hoàn toàn là một câu chuyên hư cấu. Điều 0629 cho biết sở dĩ quân Pháp (không phải quân của Nguyễn Thân) đào mộ Phan Đình Phùng lên là nhằm khám nghiệm để xác nhận tử thi, và căn cứ vào dấu vết đặc biệt trên cơ thể ông (bàn tay phải có sáu ngón), họ đã xác định được đó đúng là Phan Đình Phùng, sau đó có lẽ đã ra lệnh cho gia đình làng xóm thiêu hóa để tránh gây ra những xáo trộn chính trị đồng thời cũng để giữ vệ sinh, nên mới có báo cáo thứ hai nói “nhận được tin quan một về đồn đòi họ hàng làng xóm lên khai, khám ra quả là xác tên giặc ấy đã được thiêu hóa”. Hay khác với một số giai thoại vẫn ca ngợi mỹ hóa Đào Tấn như một ông quan cương trực thanh liêm, viên Thượng thư bộ Công này đã dính vào một vụ tham ô tập thể “khai khống kinh phí, rút ruột công trình” hiếm có trong lịch sử triều Nguyễn mà hậu quả là tất cả đường quan thuộc quan trong bộ đều bị giáng cấp giải chức sạch sẽ chỉ còn một viên Thị lang sạch sẽ không dính líu gì nên chỉ bị giáng một cấp lưu, và sở dĩ Đào Tấn thoát được bản án “đánh trượng khổ sai hết mức” mà “hạ cánh an toàn” mang nguyên hàm về quê hưu trí là nhờ Toàn quyền Đông Dương Paul Beau can thiệp nói ông “từng được nước Pháp thưởng cấp bội tinh, nên cho về hưu” (điều 1258)!...
...Được biên soạn giữa hai cuộc Chiến tranh Thế giới, ghi nhận về 28 năm lịch sử Việt Nam cho đến Chiến tranh Thế giới thứ nhất và bằng thể tài biên niên đã ít nhiều trở nên cũ kỹ, Chính biên Đệ lục kỷ Phụ biên không thể ghi nhận trọn vẹn và phản ảnh toàn diện rất nhiều quá trình xã hội đang tiếp diễn mà một trong những kết quả tất yếu là sự đào thải của lịch sử đối với thể chế quân chủ phong kiến Việt Nam. Cho nên thật ra tác phẩm này mang trong nó cùng một lúc hai lịch sử: lịch sử Việt Nam dưới hai đời Thành Thái, Duy Tân và lịch sử nhận thức lịch sử ấy của triều đình nhà Nguyễn dưới hai đời Khải Định, Bảo Đại. Qua lăng kính nhận thức ấy, rất nhiều tia sáng sự kiện, lãnh vực và quá trình lịch sử trong 28 năm nói trên đã bị khúc xạ, nhòa nhạt hay đổi màu, tình hình nói trên buộc người ta phải biết cách “đọc giữa hai dòng chữ” cũng như tìm tới những nguồn tư liệu khác mới có thể thấy được cái bản lai chân diện mục của nhiều sự kiện, lãnh vực và quá trình mà bộ sử này đề cập. Tuy nhiên rõ ràng trong tất cả những hiểm nghèo trên vị trí chính trị hai mặt của mình, triều đình nhà Nguyễn dưới hai đời Khải Định, Bảo Đại vẫn cố gắng gìn giữ những kỷ niệm về hai vị vua yêu nước Thành Thái và Duy Tân, tìm trong quá khứ nếu không phải một sự vinh quang thì ít ra cũng là một niềm an ủi. Điều này cũng gián tiếp giải thích nguyên nhân nhận thức đã khiến triều đình Khải Định ra sức đề cao quân quyền cũng như ít nhiều cho thấy lý do lịch sử của việc triều đình Bảo Đại tuyên bố hủy bỏ Hòa ước Patenôtre ký với Pháp năm 1884, khôi phục chủ quyền, xưng quốc hiệu là Đế quốc Việt Nam ngày 11.3.1945...
Trong nhiều công trình biên soạn lịch sử quan phương chính thống hiện nay, lịch sử Việt Nam thời gian 1884 - 1945 nhìn chung chỉ được tái hiện một cách phiến diện và mờ nhạt, và trong không ít trường hợp quốc sử chỉ được nhìn qua lăng kính đảng sử, thậm chí còn bị nhất hóa vào với đảng sử. Nhưng yêu cầu tổng kết lịch sử dân tộc thời gian 1884 - 1945 hiện nay không thể chỉ giới hạn trong phạm vi mục tiêu học thuật và định hướng thực tiễn như trước, vì nhu cầu phát triển của đất nước đang đòi hỏi một cái nhìn toàn diện, thấu đáo và cởi mở hơn về quá khứ. Trong ý nghĩa này, Đại Nam Thực lục Chính hiên Đệ lục kỷ Phụ biên là một trong những nguồn sử liệu mặc dù còn khiếm khuyết sơ lược vẫn mang những giá trị gợi mở to lớn mà nếu được quan tâm thích đáng chắc chắn sẽ góp phần làm sáng tỏ thêm nhiều hiện tượng, lãnh vực và quá trình lịch sử ở Việt Nam cả đến Cách mạng Tháng Tám 1945.
