Tháng 2 năm 1968, một tháng trước cuộc thảm sát tai tiếng ở Mỹ Lai, một đơn vị lính Mỹ ở miền Trung Việt Nam đi càn qua một ngôi làng nhỏ, bắt được mười chín người dân không có vũ trang - gồm phụ nữ, trẻ em, thiếu niên và một người đàn ông lớn tuổi. Hôm đó, toán lính nhận được mệnh lệnh "giết sạch những gì di động". Họ dồn dân làng vào nơi trống trải rồi nã đạn. Sau vụ việc, thanh tra lục quân đội lấy lời khai có tuyên thệ của hàng tá binh sĩ, thu thập được nhiều chi tiết ám ảnh miêu tả lại cuộc thảm sát. Tuy nhiên, vụ việc bị chìm xuồng, không ai bị kết tội.
Những lời khai đó - và ghi nhận của hàng trăm cựu chiến binh Mỹ khác từng chứng kiến các vụ thảm sát, giết chóc, cưỡng hiếp, tra tấn - được Bộ Tham mưu lục quân Mỹ những năm 1970 đưa vào diện hồ sơ đặc biệt cần lưu trữ bí mật và cất kỹ suốt ba mươi năm. Giờ đây được giải mật, những hồ sơ thu thập các báo cáo về tội ác chiến tranh của quân đội Mỹ tại Việt Nam ít ai biết đã hé lộ với công chúng. Hồ sơ bao gồm cả những sự vụ đã được chứng minh liên can đến hơn 300 lời cáo buộc, liên đới đến thành viên mọi sư đoàn lớn từng tham gia cuộc chiến.
Năm 2005, nhà báo đoạt giải Pulitzer Deborah Nelson và nhà sử học quân sự Nicholas Turse cùng hợp tác tìm hiểu sự thật phía sau những chồng hồ sơ. Phía sau cuộc chiến miêu tả quá trình cả hai đi tìm câu trả lời từ những người bị cáo buộc phạm vào tội ác chiến tranh, từ những nhân chứng cáo buộc và cả các quan chức cấp cao đã che giấu sự thật.
Cùng với những cái nhìn chân thực gây sốc khác được tiết lộ về những hành động của binh lính Mỹ tham chiến ở Iraq và Afghanistan gần đây, Phía sau cuộc chiến nhìn thẳng vào những bí mật đen tối nhất về cuộc chiến ở Việt Nam.